Kauden 2016–17 pudotuspelit käynnistyvät tulevana viikonloppuna neljällä paikkakunnalla: Sievi FS kohtaa kotikentällään kahtena peräkkäisenä päivänä FC Kemin, Leijona Futsal saa Akaan Toijalaan vieraakseen jyväskyläläisen Liikunnan Riemun, Ilves FS isännöi Tampereen Tesomalla Someron Voima Futsalia ja jyväskyläläinen Kampuksen Dynamo kohtaa espoolaisvieraansa Golden Futsal Teamin.
Paitsi kahden peräkkäisen ottelun pelaaminen samassa paikassa, poikkeuksellista aiempiin kausiin nähden on myös se, että jo puolivälierävaiheessa jatkopaikan lunastamiseen vaaditaan kolme otteluvoittoa.
Puolivälierät jatkuvat seuraavana viikonloppuna samojen otteluparien kesken, eli esimerkiksi Somerolla SoVo kohtaa Ilves FS:n ainakin ensi viikon lauantaina. Mikäli kumpikaan joukkue ei saa katkaistua ottelusarjaa suoraan kolmessa kohtaamisessa, neljäs ottelu on ohjelmassa Somerolla heti perään sunnuntaina.
Voittojen jakautuessa tasan 2–2, välieriin etenevä joukkue ratkaistaan runkosarjassa paremmin sijoittuneen joukkueen kotikentällä keskiviikkona, 29. päivänä kuluvaa kuuta.
Puolivälierien jälkeen liiga vetäytyy maajoukkuetauolle, kun Suomi pelaa huhtikuun 8.–11. päivinä EM-karsintaturnauksen Romaniassa.
Futsal-Liigan välierien ensimmäiset ottelut pelataan runkosarjassa paremmin sijoittuneiden joukkueiden kotikentällä huhtikuun 15. päivänä.
Loppuottelujoukkueet ovat selvillä viimeistään kahdeksan päivää myöhemmin ja finaalisarja käynnistyy keskiviikkona, 26. huhtikuuta. Suomen mestaruuskannua nostellaan ilmoille aikaisintaan vappuaattona ja viimeistään toukokuun 7. päivänä.
Pronssiottelu pelataan välieräsarjan hävinneiden joukkueiden kesken lauantaina 29. huhtikuuta. Ottelua isännöi runkosarjassa paremmin sijoittunut joukkue.